Kepemimpinan organisasi berfungsi sebagai proses pimpinan Prodi PAI mempengaruhi dan memberikan contoh terhadap tenaga pendidik (dosen) dan tenaga kependidikan serta mahasiswa dalam upaya mencapai visi, misi dan tujuan Prodi PAI. Kepemimpinan organisasi dilaksanakan dengan, menjalin kedekatan dengan tenaga pendidik (dosen) dan tenaga kependidikan serta mahasiswa, memberikan semangat dan motivasi serta memberikan kepercayaan dan tanggungjawab. Dalam hal memberikan kepercayaan dan tanggungjawab, Prodi PAI memiliki struktur organisasi sebagaimana diagram berikut:
